细胞周期 (cell cycle) 是指从细胞分裂结束开始, 到下一次细胞分裂结束为止的过程，可分为S期、G2期、M期、G1期四个阶段，且细胞中DNA含量随时相变化而发生周期性变化。 细胞周期分析通常运用PI染色，活细胞需要添加透膜剂使染料进入细胞，根据细胞中DNA的含量做出荧光强度的图形，用于周期分析。

细胞凋亡是细胞根据自身程序结束其生命的主动死亡的过程， 具有特征的形态和生化改变，如细胞皱缩、骨架瓦解、核膜解体、染色质皱缩、 DNA片段化、凋亡小体形成。细胞凋亡分析一般采用FITC标记的膜联蛋白（AnnexinV）染色细胞。磷脂酰丝氨酸（PS）通常只存在于质膜内侧， 在细胞凋亡早期，细胞膜外翻，可被AnnexinV-FITC染色，由于 此时细胞膜仍未失去整合性，PI无法进入细胞。在细胞凋亡晚期， 膜的整合性发生改变，PI才能进入细胞染色。根据荧光颜色的不同，可被不同的检测器接收，进行荧光分析。

Annexin V-FITC和PI双染，可区分三种细胞凋亡细胞可被Annexin V-FITC染成绿色， 、但对PI不染色；已死亡或者凋亡后期细胞则可同时染上Annexin V-FITC与PI；正常细胞则无法染上Annexin V-FITC或PI